Organische Verunreinigungen oder die Bildung eines Biofilms in einem Tropfsystem können zu einer rapiden Verringerung des Sauerstoffgehalts führen. Bei Stillstand des Wassers wird der vorhandene Sauerstoff unter anderem von Bakterien verbraucht und fällt innerhalb einer Stunde auf kritische Werte (<4 mg/l). Die regelmäßige Reinigung der Rohre ist daher eine wichtige Maßnahme, um einen Sauerstoffmangel zu vermeiden. Darüber hinaus kann eine kontinuierlich nasse Matte zu einem Sauerstoffmangel beitragen. Wurzeln haben nicht die Möglichkeit, Sauerstoff und die vorhandenen Nährstoffe optimal aufzunehmen. Darüber hinaus haben Praxistests gezeigt, dass Sauerstoffmangel an der Wurzel auch auf hohe Temperaturen in der Substratmatte zurückzuführen ist. Diese hohen Temperaturen sowie eine zu nasse Matte sind ideale Wachstumsbedingungen für Bakterien und Pilze (insbesondere Pythium), damit sie sich schnell vermehren können.